1979년 신라문화의 본고장인 경주에 동국대학교 경주캠퍼스가 들어서게 됨에 따라 신라의 왕도였던 경주라는 지역적인 특성을 살려 역사․문학․사상․예술 등 제반 분야의 신라문화를 연구함으로써 신라문화의 성격 및 특성을 규명하고, 한국문화 나아가서는 세계문화 속에서 신라문화가 차지하는 위치와 의의를 밝히고자 1981년 9월 9일 설립하게 되었다.

초대 김정학 소장에 이어 이기영 교수가 2대 소장을 역임하였고, 3대 김갑주 교수, 4대 김상현 교수, 5,6대 김갑주 교수, 7대 최효식 교수가, 8대 김복순 교수가 소장을 역임하였고, 현재 9대 소장으로 박광연 교수가 재임하고 있다.

본 연구소는 1981년 10월 30일 첫 학술발표회를 개최한 이래 해마다 주제를 정하여 학술발표회를 개최하여, 2019년 5월까지 모두 40여 회의 연륜을 쌓게 되었다. 또한 신라사 연구 중심의 전문 연구소가 되고자 1984년부터 『신라문화』 학술지를 현재 61집까지 간행하여 국내 연구기관 가운데 신라사 분야에서 가장 많은 연구결과를 제출하는 기관으로 자리 잡게 되는 결과를 낳고 있다. 이러한 결실의 하나로 『신라문화』가 한국학술진흥재단의 등재지로 선정되었다.

본 연구소는 또한 경주시가 주관하는 신라문화제 행사의 일환으로 진행되어 오던 신라문화제 학술발표회를 2009년부터 다시 본 연구소에서 주관하게 됨으로써 새로운 전환기를 맞게 되었다. 이로써 본 연구소는 좀 더 체계적으로 연구주제들을 다룰 수 있게 되었다.

본 연구소에서는 앞으로도 계속 문헌학·고고학 측면에서 신라사와 관련된 연구분야의 연구를 진행할 계획이며, 신라시대 불교유적 지표조사 등 경주지역 관련 분야에 대한 연구도 추진할 예정이다. 한편으로는 중국 및 일본의 유수 연구기관과의 제휴도 추진하여 명실공히 국제적인 연구기관으로 자리 잡을 계획이다.